Một hiện tượng nảy mầm khác trong suốt vòng đời của thực vật hạt trần và thực vật có hoa là sự nảy mầm của hạt phấn sau khi thụ phấn. Giống như hạt giống, hạt phấn cũng bị mất nước khá nhiều nhằm tiện lợi hơn khi được phát tán ra ngoài từ cây này sang cây khác. Chúng có một lớp "áo" bảo vệ cho vài tế bào (8 ở thực vật hạt trần, 2 – 3 ở thực vật có hoa). Một trong những tế bào này là tế bào ống. Một khi hạt phấn rơi trên đầu nhụy của hoa nhận phấn (hay quả hình nón cái ở thực vật hạt trần), nó sẽ hút nước và nảy mầm. Sự nảy mầm của hạt phấn được đẩy nhanh bởi nước trên đầu nhụy, cũng như bởi cấu trúc và sinh lý của đầu nhụy và vòi nhụy.[2] Hạt phấn cũng có thể làm cho nảy mầm trong ống nghiệm (hoặc đĩa Petri).[6][7]

Trong suốt quá trình nảy mầm, tế bào ống kéo dài và đi vào ống phấn. Ở trong bông hoa, ống phấn mọc về phía noãn, nơi mà nó sẽ giải phóng tinh trùng bên trong hạt phấn đề thụ phấn. Hạt phấn đã nảy mầm với hai tinh trùng của nó thì là thể giao tử đực của các cây này.[2]

Tính tự xung khắc

Vì hầu hết các cây đều có cả cơ quan sinh sản đực và cái ở hoa của chúng, sẽ có một rủi ro khá cao của việc tự thụ phấn và do đó xảy ra hiện tượng "đồng huyết". Một số cây sử dụng khả năng kiểm soát sự nảy mầm của hạt phấn nhằm ngăn cản việc tự thụ phấn này. Sự nảy mầm và phát triển của ống phấn có liên quan đến các tín hiệu phân tử giữa đầu nhụy và hạt phấn. Trong tính tự xung khắc ở thực vật, đầu nhụy của một số cây nhất định có thể nhận diện được hạt phấn về mặt phân tử từ cùng một cây và ngăn không cho nó nảy mầm.[8]